Die Spezialagenten K (Tommy Lee Jones) und J (Will Smith) sind zurück und dieses Mal steht J vor einer noch nie dagewesenen Aufgabe: Er muss in die Vergangenheit reisen, um seinem Partner das Leben und damit auch die Agentur und die gesamte Menschheit zu retten. Während seiner Zeitreise erfährt J vom jungen Agenten K (Josh Brolin) ganz neue Geheimnisse. J muss sich beeilen, denn die Zeit rennt den Men in Black davon…